Phosphorylierung
 

Hierbei handelt es sich um eine schlichte Phosphat-Gruppe, wie sie biologisch betrachtet an jedem ordentlichen 5´-Ende von DNA vorkommt. Bei der Synthese von Oligonucleotiden entsteht jedoch unter Standardeinstellungen an beiden Enden eine OH-Gruppe. Wenn beispielsweise für nachfolgende Klonierungen oder Markierungen eine endständige Phosphat-Gruppe erforderlich ist, kann diese gleich bei der Synthese angehängt werden. Nur am 5´-Ende kann eine Ankopplung auch enzymatisch erfolgen (T4-Polynucleotid-Kinase). Eine Phosphat-Gruppe am 3´-Ende des Oligonucleotids ändert dessen Abbaubarkeit durch Nucleasen und ein solches Oligo wird in einer PCR-Reaktion nicht verlängert.