PCR-Blocker
PCR-Blocker
Blocker-Oligos: PCR-Blocker und Modifikationen zur Blockierung des 3´-Endes eines Oligonucleotids
Die gezielte Blockierung einzelner Bestandteile eines Reaktionsansatzes kann ein hilfreiches Mittel bei komplexen Reaktionsabläufen sein. In PCR-Reaktionen oder zur Vermeidung von Konkatemeren-Bildung finden diese gezielten Blockierungen ihren Einsatz. Als sogenannte PCR-Blocker sind die Oligonucleotide in der Lage, mit einer definierten Sequenz die Polymerase während der Elongation zu inhibieren, ohne dabei selbst als Primer an der PCR-Reaktion teilzunehmen.
Eine weitere Möglichkeit der effizienten Blockierung einer Reaktion stellt der Einsatz von qPCR-Sonden dar. Diese werden aufgrund ihres modifizierten 3´-Terminus in einer PCR-Reaktion nicht weiter verlängert, da die für die Elongation benötigte Hydroxylgruppe fehlt.
Für verschiedene Anwendungen gibt es oft mehrere funktionale Möglichkeiten, die wir hier in einer Übersicht für Sie zusammengestellt haben:
3'-Spacer C3
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Ein gutes Beispiel für die bevorzugte Verwendung eines C3-Kohlenstoff Spacers zur Blockierung des 3´-Endes eines Oligos können Sie hier sehen. |
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3'-Phosphat
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3'-ddC
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3'-Inverted End
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Im Vergleich zu den bisher aufgeführten Elongations-Blockern ist diese Modifikation mit einem ganzen Nucleotid eher groß. Aufgrund der geringfügigen Veränderung der Struktur ist bei in vivo Anwendungen aber nicht mit unerwarteten Nebenreaktionen durch molekülfremde Strukturen zu rechnen. |
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