Das kleine Molekül Dinitrophenol ist seit langem als Marker in der Immunohistochemie und Immunocytochemie etabliert. Dinitrophenol wird auch als Markierung von Oligonukleotid-Sonden genutzt, insbesondere bei Verwendung für die in situ Hybridisierung (ISH oder multicolor FISH). Dinitrophenol kann über einen Aminolink oder einen TEG-Linker an das Oligo angefügt werden.