Reduktiv spaltbare Linker auf Basis von Azofarbstoffen

In vielen biologischen und chemischen Anwendungen sind stabile Verknüpfungen von Molekülen gefordert, die sich unter bestimmten Bedingungen mild, schnell und selektiv spalten lassen. Zu diesem Zweck werden spaltbare (cleavable) Linker in die Moleküle eingebaut, z.B. als Phosphoramiditbaustein in der Oligonucleotid-Synthese. Gängige Varianten spaltbarer Linker sind u.A. der PC-Linker (photocleavable Linker) oder Disulfid-Linker. Für die Spaltung der ersteren ist zusätzliche Bestrahlungsapparatur notwendig, während im zweiten Fall der Linker oft nicht den Synthesebedingungen standhält. 

Eine alternative bieten spaltbare Linker auf Basis von Azo-Farbstoffen. Azogruppen lassen sich unter milden Bedingungen leicht reduktiv spalten, z.B. durch Behandlung mit Tris(2-carboxyethyl)phosphin (TCEP) oder Dithionit (z.B. Natriumdithionit, Na₂S₂O₄). 

Mit dem BMN-Q521 Quencher als interne Modifikation wird ein reduktiv spaltbarer Quencher direkt in das Rückgrat des Oligonukleotids eingebaut. Sobald der Linker mit z.B. Dithionit gespalten wird, wird das Oligo aufgetrennt und die quenchende Eigenschaft von BMN-Q521 geht verloren. Etwaige an das Oligo gekoppelte Farbstoffe können so nun eine erfolgreiche Spaltung anzeigen.