FRET-Farbstoffe bestehen aus zwei aneinander gekoppelten Chromophoren, die aufgrund ihrer räumlichen Nähe über Fluoreszenz-Resonanz-Energie-Transfer (FRET) Energie austauschen können. Der kürzerwellig absorbierende Farbstoff wird angeregt (in diesem Fall Fam z.B. bei 488 nm); nach Energieübertragung wird vom Cyanine 5.5 die aufgenommene Energie in Form von Fluoreszenz bei ca. 695 nm abgestrahlt.
Der Fam-Cyanine 5.5 FRET Dye wird an das 5‘-Ende eines Oligonucleotids gekoppelt. In Hydrolysesonden für die qPCR ist zusätzlich am 3‘-Ende des Oligonucleotids ein passender Quencher notwendig, hier ist BMN-Q620 gut geeignet. Alternativ zu Cyanine 5.5 als Akzeptor ist auch Cyanine 5 möglich (Fam-Cyanine 5 FRET Dye) ; die Emission liegt dann bei 670 nm.
Die nachfolgende Literaturstelle beschreibt die Verwendung von biomers.net FRET-Farbstoffen in einem Multiplex-Assay auf dem LightCycler.

Lit:
1. Krumbholz A., Schäfer M., Lorentz T., Sauerbrei A., Quadruplex real-time PCR for rapid detection of human alphaherpesviruses, Med Microbiol Immunol (2019), pp1-8.